شنبه دکتر مسعودی نژاد منو از جلسات هفتگیش انداخت بیرون!!!

شنبه دکتر مسعودی نژاد منو از جلسات هفتگیش انداخت بیرون!!!

چون در مورد دانشجوهاش صحبت شد  و اینکه یه سری کارگاه برگزار کنیم و بعدش شروع به انجام پروژه‌های بیوانفورماتیک کنیم تا بتونیم درآمدزایی کنیم. خیلی ناراحت شد و گفت من میدونم که فضای آزمایشگاه خراب میشه اگه این مسائل بیاد داخلش و شما هم لطف کنید که دیگه از این جلسه یا جلسه دیگه تشریف نیارید. این مدتی که اینجا هم بودین اگه چیزی یاد گرفتین حقتون بوده و اگه نه من معذرت میخوام ازتون. من میدونم که اگه این مسائل بیاد داخل آزمایشگاه فضا رو خراب میکنه  و آسیب میزنه.

مثل اینکه بعد این که من ترک کردم جلسه رو، در شروع جلسه دکتر خط و نشون میکشه برای همه دانشجوهاش که با من ارتباط برقرار نکنن، و تا وقتی دانشجو هستن نه کتابی بنویسن، نه کارگاهی بزارن، و مثل اینکه کلا دنبال پول و این چیزا هم نباشن، و همه اینارو بزارن برای بعد دفاع.

اساتید فکر میکنن همه چی رو خودشون بهتر از بقیه میدونن، شاید میدونن. ولی کاش، کاش یه چیز برای ارایه به ما دانشجوها داشتن، یه آینده شغلی، بورس، پولی که داریم برای تزمون خرج میکنیم، کمک موثرشون توی تز حداقل. جدا از اینکه استاد محترم نظرشون این بود، نظر من اینه که ایشون کاملا اشتباه میکنن، و امیدوارم این قضیه زودتر ثابت شه که من درست میگم.

ما رو با یه عالمه وعده فرستادن درس بخونیم، هم خونه دار میشی، هم خونواده دار، احترام کسب میکنی، همه چی بهت میدن. دولت که به فکر ما نیست، استادامون هم به فکرمون نیستن. جامعه هم که کلا فازش یه چیز دیگه‌ست. ما داریم قربانی میشیم، مهم نیست که چقدر زحمت میکشیم، چقدر دست و پا میزنیم، نمیبینن، شاید بخاطر اینه که خودشون توی شرایط خیلی بهتری دانشجو بودن، شاید اون موقع یه محمدرضا شاهی بود که دانشجوهارو بورس میکرده، نمیدونم. ولی من وضعیت خودم و خیلی‌های دیگه رو میدونم، هممون داریم با یه سری مسائل خیلی ابتدایی، مسخره دست و پنجه نرم میکنیم در حالی که یکی مثل ما اون ور آب داره به کارش میرسه، داره خیلی راحت کارش رو انجام میده، بدون اینکه نگران این باشه که کیت آزمایشگاهیش قراره دو برابر شه توی دو ماه، بدون اینکه نگران این باشه که کیت آزمایشگاهیش سه ماهه که توی گمرک گیر کرده و ترخیصش نمیکنن، دلیلش رو هم خدا میدونه که چرا دولت ازین مسخره بازی‌ها در آورده.

ما دانشجوها تنهاییم، این نسل تنهاست، خودمون باید آینده خودمون رو بسازیم، خودمون سرنوشت خودمون رو مشخص میکنیم، خودمونیم که به کارامون ارزش میدیم، هیچ نیازی نیس بزرگتری به ما بگه کارت درسته، یا بخواد تشویقمون کنه یا خرابمون، اصلا مهم نیست، مهم اینه که بدونیم داریم چیکار میکنیم و چی میخوایم.

به همشون نشون میدیم که دارن اشتباه میکنن، ما حق داریم که حداقل شرایط و امکانات رو داشته باشیم تا خودمون رو نشون بدیم، که پیشرفت کنیم، که بسازیم آینده‌ای که حقمونه.

اگه نظری دارین حتما بگین ...

قرار کاری با کافه فناوری

دیشب یک قرار کاری با مدیریت کافه فناوری، خانم ملک‌شعبانی داشتم. موضوع صحبت در مورد چگونگی برگزاری کارگاه‌های تخصصی توی کافه بود. تمرکز صحبتمون بیشتر روی زبان برنامه‌نویسی R بود ولی خب به بیوانفورماتیک هم کشیده شد. قرار شد تا دو هفته دیگه که وقت کردم، یه مطالبی رو براشون آماده کنم که قراره برای تبلیغاتشون و پیدا کردن جامعه هدف به درد میخوره و بعد قراره بقیه کارها رو کافه فناوری انجام بده تا یه برآوردی از تعداد داوطلبان و اینکه چه هزینه‌ای رو برای کارگاه بزاریم، داشته باشن.

اولین کارگاهی که در عمر گرانبهای خودم تدریس کردم

هفته پیش کارگاهی با عنوان:

Introduction to R for Biologists

در روز چهارشنبه از ساعت ۹ صبح تا ۷ عصر برگزار کردم. اول قرار از ۹ تا ۲ باشه ولی طول کشید دیگه و به ۷ عصر رسید. مباحثی که گفتم خیلی خلاصه بگم این‌ها بودن که بر اساس پکیج آموزشی بود از دانشگاه جان هاپکینز با این لینک:

https://swirlstats.com

Basic Building Blocks

Workspace and Files

Sequences of Numbers

Vectors

Missing Values

Subsetting Vectors

Matrices and Data Frames

Logic

Functions

lapply and sapply

vapply and tapply

Looking at Data

Simulation

Dates and Times

Base Graphics

و این بود مباحث خیلی پایه‌ای زبان R که به دوستانی که اومده بودن تدریس کردم. از همه مطمئن میشم که چیزی رو که میگم فهمیدن و خودشون روی سیستمشون امتحان کردن یا نه. خوشبختانه دکتر قنبری از اساتید گروه خیلی تعریف کرد بعدا و گفت که نسبت به این که بار اول بود خیلی خوب بود.

دارم یه سری از هماهنگی‌ها رو باید امور فرهنگی دانشگاه و پارک علم و فناوری زاهدان انجام میدم که بتونم برای اسفند بیام برای تدریس ادامه این مباحث که میره به سمت گراف کشیدن و آمار.

Exploratory Data Analysis:

Introduction to Data Visualization and Distributions

Introduction to ggplot2

Summarizing with dplyr

Gapminder

Data Visualization Principles

Inferential Statistics:

Central Limit Theorem and Confidence Interval

Inference and Significance

Inference for Comparing Means

این هم از عکس‌ اون روز که خیلی خوش گذشت:

در همایش تحصیلات تکمیلی R ارایه‌ای در مورد

هفته پیش یک ارایه داشتم با موضوع کاربردهای زبان R در زیست‌شناسی. ارایه بعد آقای عبدی از بچه‌های ورودی ۹۵ دکتری ژنتیک بود. نوبت من که شد، دکتر کردی رفت دنبال کاراش، بقیه بچه‌ها هم پشت سرش ایشون رفتن دیگه 😂، اینا همه خیانت کردن به علم 😂، من که نمیبخشمشون. خلاصه بگم که من ارایه ۱۵ دقیقه‌ای خودمو دادم و تبلیغ کارگاه خودمم که قراره چهارشنبه همین هفته باشه رو کردم.

ولی در کل، خدااااایی، یعنی ارایه من، ارزشش در حد ۱۰ دقیقه وقتشون نبود؟ نبوووووود؟؟؟؟؟؟!!!!!!

اپی ژنتیک

یک ویدئو از یوتیوب هست که در مورد اپی‌ژنتیک به صورت خیلی خلاصه و مفید توضیح میده و خواستم اینو با شما به اشتراک بزارم چون خودم خیلی ازش خوشم اومد. ویدئو برای ۶ سال پیشه ولی واقعا مفیده

https://youtu.be/JTBg6hqeuTg

نور آبی نمایشگر

یه مطلبی دیدم در مورد اینکه نور آبی مانیتورها میتونه بعد از مدتی باعث کوری بشه. خیلی خلاصه بگم که نور آبی در بازه نورهای قابل مشاهده بیشترین انرژی رو داره. این نور میتونه یه مولکول خاصی تو چشم رو تجزیه کنه در مدت زمان طولانی که باعث آزاد شدن یه ماده شیمیایی میشه که کشندست. لینک خبر رو میزارم برای خواننده های عزیز.

https://futurism.com/blue-light-blindness-retinal/

کار پایان نامه‌ام تموم شد

درود و صد بدرود 😁

خب از آخرین باری که رفتم ازینجا و اومدم اتفاقات مهمی افتاد که خیلی سریع هم افتاد برای همین وقت نکردم
بیام بنویسم.

اول از همه این که کیت استخراج RNA که از زیست باران سفارش داده بودم به دستم رسید و از فرداش کارها رو شروع کردم. با گذشتن حدود ۴ هفته تمام کارام تموم شد. این که ببینم پرایمرها مشکلی نداشته باشن، کیفیت استخراج، سنتز DNA چطور بود و یا بعدش کار با دستگاه ریل تایم که بار اولم بود. رقت ها رو برای ژن ها بدست بیارم چطور باشن و کشیدن منحنی استاندارد که خیلی سخت بود. در پایان خود کار از صبح زود  تا ساعت ۱ و نیم نیمه شب موندم توی آزمایشگاه و تمومش کردم. واقعا سختی زیادی کشیدم. روزهام در هم تنیده شده بود و نمیدونستم چطور داره زمان میگذره. صبح میرفتم آزمایشگاه و شب میومدم. البته این وسط برمیگشتم خوابگاه برای ناهار و دوباره برمیگشتم آزمایشگاه ادامه کارهام. این وسط چیزای زیادی رو یاد گرفتم، چیزهای نو و البته این که با چالش‌های جدیدی مواجه شدم و تونستم مدیریتشون کنم. این خیلی

خوب بود.

خلاصه این کار آزمایشگاهی تموم شد و بلیت برگشت به تهران رو گرفتم. رسیدم خونه ولی استراحتی نداشتم. خیلی کارها بود که باید انجامشون میدادم. مثل مقاله و پایان نامه، مثل ادامه کارهای بیوانفورماتیکم و ادامه یادگیری کدنویسی چیزهای دیگه‌ای که نمیگم اینجا. 😁

الان هم دارم همون کارهارو انجام میدم. فقط چیزی که میتونم بگم اینه که سرم خییییییلی شلوغه و امیدوارم بتونم به همه
کارهام برسم چون مجبورم همشون رو انجام بدم.

کیت استخراجم

حدود ۴ ماه هست که از سفارش کیت استخراجم میگذره ولی هنوز شرکت زیست باران کیتم رو تحویلم نداده و

میگن که همش بخاطر اوضاع نابسامان گمرکه.

از طرفی هم با کیت استخراج Plant mini kit کیاژن که برای همکلاسیم بود هم جواب نگرفتم. کیتی که سفارش
دادم از شرکت mobio که البته اینم زیر مجموعه کیاژنه. اسم کیتم PowerPlant هست.

از طرفی استرس اینو دارم که ترم ۶ هستم و باید تا اوایل تیرماه تموم کنم کار پایان نامه ام رو. امروز استاد اولم

هم میگفت نگران اینم که کیت استخراجت به موقع نیاد.

امروز که دوستم از طرف من تماس گرفت با زیست باران، بهش گفتن که کیت شما توی شرکته ولی به خاطر

تعطیلات، هفته بعد براتون ارسال می‌کنیم.

توی دانشگاه R کارگاه

به دلیل اصرار یکی از اساتید، تصمیم داشتم که کارگاه R برای بچه های خودمون بزارم. بعد از آمادگی نسبی به مطالبی که قراره مطرح کنم، امور فرهنگی گفت وقت مناسبی نیست، به این دلیل که جلسه ای تشکیل نمیشه بخاطر تموم شدن نیمسال تحصیلی.
خلاصه منم تصمیم گرفتم که مهر امسال این کار رو انجام بدم، البته با مطالب بیشتر و مفیدتر. مثلا جز قسمت برنامه نویسی که شامل اصول R میشه، میخوام رسم نمودار و آنالیزهای آماری و ژنومیکس به خصوص RNA-seq رو براشون توضیح بدم که حداقل به اندازه یک هفته وقت میخواد. اگه جور شه این کارگاه میخوام بعد دفاع از پایان نامه ارشدم برگزارش کنم.

معرفی

مرتضی صبری هستم. ۲۵ سال دارم.  دانشجوی کارشناسی ارشد رشته ژنتیک دانشگاه سیستان و بلوچستان.

فیلد کاری من تنش خشکی و ژنومیکسه. این بلاگو درست کردم تا بتونم کارایی که انجام میدم رو اینجا براتون و برای خودم بیارم تا هم شما استفاده کنید و هم خودم. تمام مطالب این بلاگ قراره فقط علمی و مربوط به ژنتیک باشه.

امیدوارم مفید باشه.